【V和M的疑问】
与第一个秘密相关的是，为什么在《最后的晚餐》里，耶稣和约翰(或者说玛利亚·抹大拉)朝向不同的方向，摆成一个V字形，而他们的身体又组成一个字母M，是想说明什么问题呢?这和什么符号有关吗?
有人认为耶稣和约翰的形体符号恰恰说明，这里所谓的约翰实际上应该是抹大拉的玛利亚，V字形象征了神圣女性的符号(甚至是圣杯，毕竟，餐桌上没有圣杯的出现也是一件非常怪异的事)，而字母M代表了玛利亚·抹大拉。很明显，不论人们是否赞成这一假设，这是一种很有创见，很令人兴奋的阐释。
【彼得威胁的手势】
另一处奇怪的特写是，彼得的左手好像要砍向约翰(或抹大拉)的脖颈一般，一幅威胁的姿势。关于彼得，列昂纳多是不是想向我们说点什么呢?再仔细些看，离画面进一些，您就会发现，很明显那只拿着短刀的手实际上就是彼得的。虽然显得有点笨拙、不自然，但是因为他的右手手腕弯着，所以看起来不像他的。至于他的左手作出的抹约翰脖子的姿势，另外一个解释是，彼得只是想要把左手搭在对方身上而已。看起来争论还会一只继续下去。
【托马斯的一根手指】
在耶稣的左手边，面对着耶稣的托马斯作出伸出一根指头的姿势，按作者的话来说，是约翰的手势引起的。再说托马斯，他举起左手的食指也作出一个威胁的姿势，也就是普林斯和皮克奈特所说的约翰的手势，据说他代表秘密的知识与智慧，认为是洗者约翰比耶稣起到了更重要的作用，而不是完全像《圣经》里讲述的那样。
【达芬奇的自画像】
撒迪厄斯实际上是列昂纳多的自画像，他背向耶稣。撒迪厄斯确实和达芬奇的形象很接近，可以比较一下他的著名的《自画像》。列昂纳多的许多作品都牵涉耶稣或者神圣家族。画面构图中，至少有一个人背向中心人物，这是一个再次出现的问题。
